取得費用についてですが、「.com」は1000円前後です。「co.jp」は2000円から4000円程度です。取得会社によって、年間費用が大きく変わるということはありません。レンタルサーバ会社がドメイン管理も行ってくれる場合もあります。
その場合は、サーバ契約とは切り分けることができて、管理画面から自由に管理できるところが良いと思います。また、サポートが手厚くて、対応が迅速で、解決策を提示してくれるというのも重要なポイントとなります。
ドメインの管理をサイト制作会社に任せるならば、管理を依頼している制作会社の倒産や連絡が取れなくなるというリスクも考えた方が良いでしょう。
そういったリスクに備えてドメインは自社で管理した方が良いと思います。ドメインには有効期限があるので要注意です。更新を忘れたら高額な費用がかかる場合もあります。